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Saint Nil de Stolobensk reposait le 7 décembre, 1554.
Bien des années après, le Hieromoine Germain est venu sur l'île du lac Seliger, où le saint ascète avait lutté, et immédiatement après lui. Ils se sont installés ensemble sur l'île et construit une église en l'honneur de la Théophanie, avec une chapelle dédiée à Saint-Basile de Moscou (2 août).
Sur le site où saint Nilus avait lutté, un Monastère qui porte son nom a été construit. Une icône de saint Nil a été peinte par les moines du Monastère Orshin, et de nombreux miracles de guérisons des malades ont commencé à se produire sur la tombe du Saint.
Plus tard, St Nectaire, Archevêque de Tobolsk et Sibirsk qui vivait au Monastère, et il a décidé de construire une église en pierre pour remplacer l'ancienne en bois. Lorsque les fondations ont été creusées, la terre s'écroulait et a révélé les reliques de saint Nilus intactes. La découverte des reliques a eu lieu le 27 mai 1667, et un jour de fête a été créé en l'honneur de l'événement.