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Saint Nil de Stolobensk est reposé le 7 Décembre, 1554.
Plusieurs années après, le Hiéromoine Germain est venu à l'île du lac Seliger, où le saint Ascète avait lutté, et immédiatement après lui sur la colline habitant le vagabond Boris. Ils se sont installés ensemble sur l'île et construirent une église en l'honneur de la Théophanie, avec une chapelle dédiée à Saint Basile de Moscou (2 août).
Sur le site où Saint Nilus avait lutté, un Monastère qui porte son nom a été construit. Une icône de saint Nilus fut peinte par les moines du Monastère Orshin, et de nombreux miracles et dse guérisons des malades ont commencé à se produire sur la tombe du Saint.
Plus tard, St Nectaire, archevêque de Tobolsk Sibirsk et vivant au Monastère, et il a décidé de construire une église en pierre pour remplacer l'ancienne en bois. Lorsque les fondations ont été creusées, la terre s'est écroulé et a révélé les reliques incorruptibles de St. Nilus. La découverte des reliques a eu lieu le 27 mai 1667, et un jour de fête a été créé en l'honneur de l'événement.